Czarna Hańcza ma swoje źródła w okolicach Wiżajn na wysokości 245 m n.p.m. niedaleko jeziora Hańcza, na Pojezierzu Wschodniosuwalskim. Trasę od źródła do ujścia podzielić można na dwa etapy: pierwszy górny pomiędzy jeziorami Hańcza a Wigry ma 47 km. Jest płytki i wąski ze spadkiem 2,3 promila (miejscami dochodzi do 4 promili). Spływy są tam możliwe zazwyczaj tylko podczas wiosennych roztopów. Jest to trasa przeznaczona dla zaawansowanych kajakarzy z odpowiednim sprzętem i miłośników trekkingu kajakowego. Ponadto aby pływać w górnym biegu rzeki potrzebne są odpowiednie pozwolenia – znajdują się tam rezerwaty przyrody: Jezioro Hańcza, Głazowisko Bachanowo i ostoja bobrów Stary Folwark.

W nizinnym odcinku rzeka diametralnie zmienia swój bieg. Trasa liczy około 88 km. Zaczyna się w miejscowości Stary Folwark, na północnym brzegu jeziora Wigry, i płynie spokojnie znacznie szerszym korytem i dużo wolniej. Prawie cały czas rzeka płynie przez obszar puszczy Augustowskiej, aż do miejscowości Rygol, gdzie spotykają się wody rzeki i Kanału Augustowskiego. Podzielić ją można na trzy lub cztery odcinki.

Źródło: Wikipedia